Planilha/Banco de Dados está organizada em 32 colunas, com metadados que consolidam informações sobre vilas e lugares de índios, bem como outras povoações indígenas como freguesias, capelas, missões religiosas, aldeamentos etc.

Cada coluna sistematiza dados e informações que buscam dar conta de variados aspectos da história desses lugares e de suas populações e estão distribuídos em cinco categorias principais:

I. Dados que permitam a identificação e localização geográfica: capitania; nome enquanto aldeia; nome enquanto vila; vila a que pertencia o lugar de índios; nome enquanto lugar; freguesia e orago da paróquia; terras (dimensão); mapa.

II. Dados cronológicos: data de fundação da aldeia e data de fundação da vila; abolição do Diretório e/ou extinção da vila.

III. Dados sobre a população: estimativa populacional; nações indígenas (etnônimos).

IV. Dados políticos e socioculturais: companhia religiosa; legislação; presença de diretores; trabalho; presença de representantes indígenas na câmara; companhias de ordenança; escolas; descimentos, expedições/bandeiras, deslocamentos; administração particular; conflitos.

V. Dados de controle da pesquisa: fontes primárias; referências bibliográficas; observações; responsável pelo preenchimento dos dados.

As povoações vigentes no Diretório estão distribuídas nas diferentes capitanias gerais e anexas da América portuguesa, cuja extensão, fronteiras e mesmo jurisdições eram imprecisas.